U skladu sa Zakonom o zdravstvenom osiguranju, Zavodom zdravstvenog osiguranja upravlja Upravni odbor koji imenuje Vlada ZDK, na prijedlog ministra zdravstva i socijalne politike. Djelokrug i rad Upravnog odbora regulisan je Zakonom o zdravstvenom osiguranju i Statutom Zavoda a to je:

• donosi Poslovnik o radu,
• donosi odluke o zaključivanju ugovora Kantonalnog zavoda osiguranja sa zdravstvenim ustanovama o pužanju zdravstvenih usluga,
• utvrđuje program djelatnosti obaveznog zdravstvenog osiguranja i mjera za unapređivanje obaveznog zdravstvenog osiguranja, utvrđuje politiku korištenja sredstava obaveznog zdravstvenog osiguranja, daje smjernice za funkcionisanje, Stručne službe Kantonalnog zavoda zdravstvenog osiguranja radi pravilnog ostvarivanja prava osiguranih lica i racionalnog poslovanja,
• donosi Statut Kantonalnog zavoda uz saglasnost zakonodavnog tijela Kantona i druge opće akte za čije je donošenje ovlašten zakonom,
• predlaže saglasno zakonu, stope doprinosa za obevzno zdravstveno osiguranje,
• donosi Plan rada Zavoda i Stručne službe
• donosi Finansijski plan i usvaja završni račun,
• daje saglasnost na opći akt o sistematizaciji poslova i radnih zadataka,
• odlučuje o osiguranju dopunskih sredstava i o načinu pokrivanja eventualnih gubitaka nastalih u poslovanju,
• pretresa godišnji izvještaj o radu Kantonalnog zavoda zdravstvenog osiguranja i njegove Stručne službe,
• razmatra izvještaj o kontroli vrste, obima i kvaliteta izvršenih zdravstvenih usluga,
• provodi prošireno zdravstveno osiguranje ako je uvedeno odlukom zakonodavnog tijela kantona,
•  sarađuje sa drugim Kantonalnim zavodima osiguranja, Federalnim zavodom osiguranja i reosiguranja i drugim organima i organizacijama u stvarima od zajedničkog interesa,
• vrši i druge poslove za koje je ovlašten zakonom.

Zavodom upravlja Upravni odbor koje se sastoji od devet članova koje imenuje Vlada Zeničko-dobojskog kantona na prijedlog kantonalnog Ministra zdravstva i to:

– tri člana iz reda osiguranika zdravstvenog osiguranja

– dva člana iz reda poslodavaca

– četiri člana iz reda zdravstvenih radnika